Se le considera, por su incertidumbre vital y por su angustia espiritual, precursor simbólico de la Generación del 98, proyectando su lucha interior en su visión de España en su obra Idearium español, donde interpreta a España como Virgen dolorosa rodeada de la cultura positivista y escéptica del siglo XIX; según él, la crisis de fin de siglo de este país habría sido causada por un problema axiológico fundamental: el de la abulia.
Nacido en una familia de clase media, su padre murió cuando él tenía nueve años. A la edad de diez años, una fractura le lleva a punto de perder una pierna; poniendo en riesgo su vida, se niega a la amputación y, tras años de rehabilitación, consigue no quedarse cojo.
Con retraso por esa convalecencia, inicia sus estudios cursando entre 1880 y 1890 el bachillerato y las carreras de Derecho y Filosofía y Letras, consiguiendo siempre notas de sobresaliente.
En 1888 empieza el doctorado en Madrid; se doctora, con sobresaliente y premio extraordinario, con La importancia de la lengua sánscrita, tras no serle aceptada otra tesis titulada España filosófica contemporánea.
Se presenta a las oposiciones al Cuerpo de Archivos, Bibliotecas y Museos, que gana, y es destinado a la biblioteca del Ministerio de Fomento en Madrid, España.
Se integra poco a poco en el mundo literario madrileño, asistiendo al Ateneo y a diversas tertulias literarias. Inicia una relación de amistad con Miguel de Unamuno en 1891, cuando estudian juntos para las oposiciones a cátedra de griego (que Unamuno conseguiría por Salamanca y Ganivet perdería por Granada).
En 1892 conoce a Amelia Roldán Llanos, de la que se enamora aunque no terminan casándose por razones desconocidas.
De su relación, nacen dos hijos, Natalia que muere al poco de nacer y Ángel Tristán.
En mayo de ese mismo año, Ganivet gana con el número uno unas oposiciones al cuerpo consular y es nombrado vicecónsul en Amberes, tomando posesión en julio; pasará cuatro años en la ciudad belga. Durante ese tiempo, se desarrolla intelectualmente: lee, aprende idiomas, aprende a tocar el piano y empieza a escribir. Por otro lado, su relación con Amelia se deteriora.
En 1895 es ascendido a cónsul y destinado a Helsingfors (actual Helsinki).
En los más de dos años que pasa en Finlandia produce la mayor parte de su obra literaria. Su estancia termina cuando el cuerpo diplomático suprime el consulado por escasa actividad comercial.
Toma posesión del consulado de Riga en 1898. Allí, fruto de una crisis espiritual, sin su mujer, solo, tras las pérdidas de las últimas colonias de España y entristecido por la grave situación de su nación, cae en una profunda depresión que lo llevará a suicidarse tirándose al Río Dvina de Riga desde un barco (tras haber sido salvado en una primera intentona).
